首先，層流罩是“罩”，而潔凈工作臺是“臺”。層流罩大多是懸掛在需要凈化工藝的頂部，不影響下面人員或器械的操作。而潔凈工作臺是用腳杯固定或者福馬輪可移動的臺子，人員可以在潔凈區(qū)域的旁邊操作。兩者都可以單獨使用，也可以多個組成潔凈工作帶。

其次，兩者可形成的氣流流型不同。層流罩多是垂直流，頂部吹出經(jīng)過凈化的空氣，而潔凈工作臺垂直流和水平流都比較常用。不過兩者都可以達到百級（ISO5級）的潔凈度。

第三，層流罩一般為開放式，潔凈工作臺有開放式，也有封閉式。開放式的結(jié)構(gòu)一般需要較好的大環(huán)境，而封閉性的潔凈工作臺設(shè)計有回風(fēng)通道，可適合普通環(huán)境。

第四，應(yīng)用工藝不同。層流罩適用于生物制藥、手術(shù)室、食品加工、電子半導(dǎo)體、灌裝、壓塞等特殊工藝。而潔凈工作臺適用于生物醫(yī)療、電子半導(dǎo)體、光學(xué)等行業(yè)。